ה'פאנטום' הוא תחושה של הימצאות הגפה הקטועה. מרבית הקטועים מדווחים בתחילה כי התחושה מלווה גם בכאבים, 'כאבי פאנטום'. תחושות אלו בדרך כלל אינן מעידות על בעיות אחרות והכאבים נעלמים תוך זמן לא ארוך.
מספר לא רב של קטועים מדווח על תקופות ארוכות יותר של 'כאבי פאנטום' וישנן מספר שיטות לטיפול בכאבים אלו.
לעיתים מבצעים ניתוח להסרת תאי עצב או קיצור כלי דם שיתכן ויתיישבו על העצם בגפה הקטועה ולכן נגרמים הכאבים. ישנם גם ניתוחים אשר גורמים לחסימת הכאב.
ישנן גם שיטות פולשניות פחות לטיפול ב'כאבי הפאנטום' כמו חבישת הגדם תוך לחץ בינוני וגם לבישת התותבת עשויה להקל את הכאבים.
לבסוף, טיפול בעזרת מראה נמצא גם כמועיל. בטיפול במראה, הקטוע מציב מראה בין רגליו או זרועותיו כך שהם רואים רק את האיבר השלם שלהם. לאחר מכן הקטוע מזיז את הגפה השלמה תוך שמדמיינים שהם מזיזים את הצד הקטוע שלהם. הרופאים לא בטוחים מדוע 'הדמיון מחדש' של האיבר השלם עובד, אך הטיפול הוכיח את עצמו כמוצלח מאוד עם קטועי גפיים.
